Nueva York está en peligro debido a que Shredder y su compinche El Clan del Pie dominan la ciudad y ejercen un férreo control sobre todo, incluyendo policía y políticos. Pero cuatro héroes (Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael) saldrán de las alcantarillas y con la ayuda de la reportera April y su compañero Vern Fenwick intentarán salvar la ciudad. Narra de nuevo el origen de estos personajes del cómic, que en este filme serán alienígenas.